三位一体原生态修复系统由：净藻生物种群系统构建、水生植物群落系统构建、水生动物群落系统构建组成完整生态系统，采用净藻生物种群+水生植物+鱼类、螺类、贝类等水生动物为主体的全生物解决方案，形成完整水下生物链，重建健康的食物链生态系统，实现水中营养成分的自然转换，用水生动、植物取代藻类成为水体主导物种。水生植物通过自身生长吸收以及光合作用氧化 来消减水中过剩养分，起到降低水中营养盐含量的作用，而浮游动物、鱼、虾、螺、贝类水生动物则以水生植物为食，帮助提高富营养转化能力，维持水体营养平衡，从而恢复水体自净能力和自身对污染的免疫力，不仅生态而且可以消耗二氧化碳改善环境，真正达到“负碳”。通过该系统可以实现水质自净化功能，水质清澈见底（能见度大于1.5米）、水草布满湖底、水生动物畅游湖中，水质常年保持在国家标准三类水以上。
