六位一体防治一体化系统主要由：三位一体原生态防渗系统和三位一体原生态修复系统组成的完整原生态系统，通过天然防渗衬垫的防水功能、 透气而不透水功能以及允许水生植物根系穿透的生态保障功能保证防渗效果及水生动植物的生长。再通过净藻生物种群系统构建、水生植物群落系统构建，水生动物系统构建来形成多层次、互补共生的水生生物链，构建水下食物链系统，降解、固定和转移水中污染物和营养成分，使得进入水体的氮、磷等富营养物质通过一系列复杂的植物转化、吸收过程，最终以植物蛋白转化为动物蛋白（水草被鱼类等吸食），最终以水草直接收割上岸的形式被转移出水体，从而构建完善的水生植物（生产者）、水生动物（消费者）和微生物（分解者）系统，并使之形成良性循环净化水质，从而恢复、提高水体应有的“生物自净”能力。通过该系统可以实现防渗、水质自净化功能，达到水质清澈见底（能见度大于1.5米）、水草布满湖底、水生动物畅游湖中，水质常年保持在国家标准三类水以上。
